Eles são iguais em funcionalidade e potencial (são capazes de usar todos os recursos da máquina), mas não é só isso que conta.
Na época em que foram concebidos com os respectivos ambientes gráficos, eram muito parecidos, mas o modelo de negócio era (e continua sendo) muito diferente.
A Microsoft sempre foi uma empresa que claramente visa o lucro (não considero isso imoral). Desenvolveu partes de seus produtos, terceirizou outras, cresceu, tornou-se rica e gigante. Direcionou seus esforços para atender o público mais numeroso - o de usuários "finais" que navegam na internet, escrevem memorandos, controlam finanças em planilhas, não querem conhecer detalhes da máquina. Dão muito valor à estética e pouco valor ao desempenho computacional.
O público do Linux inicialmente eram os desenvolvedores e acadêmicos, os valores eram outros - aderência a uma especificação (UNIX), desempenho, popularização da informática, conseguir aproveitar máquinas baratas, já havia ideais: Software Livre (hoje é realidade), projetos com equipes espalhadas pelo mundo,... A sobrevivência da iniciativa depende de quão bem o software é escrito e documentado.
Os dois casos são muito bem sucedidos - cumprem seus objetivos e resultaram em produtos substancialmente diferentes.
Atualmente há muitos programas que foram (trans)portados de Linux para Windows e vice-versa, assim como há emuladores de Windows para Linux (wine), mas executar MS-Office no wine não é o mesmo que no Win, usar gcc no Win (Min-GW) não é o mesmo que gcc nativo. O banco de dados da Oracle tem versões para Windows e para Linux, assim como PostgreSQL, PHP, MySQL, Matlab, R,... geralmente usar no SO nativo é melhor.
A MS não fez uma versão de .Net ou de Office para Linux...
Que eu saiba, não existe supercomputador baseado em Windows...
No frigir dos ovos, "levantar" um servidor de arquivos ou web, ou um supercomputador usando Linux tem custo de licenciamento zero e funciona "suave" (smooth). Fazer o mesmo, com a mesma "suavidade" com Windows custa caro....
Resposta para a pergunta: Como "usuário final", Windows, como desenvolvedor, Linux.
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